Irregularidades ocorreram quando ele era prefeito, em recursos federais de saúde aplicados em 2011 e 2012.
O Tribunal de Contas da União julgou irregulares as contas do deputado federal Charles Fernandes referentes ao período em que foi prefeito de Guanambi, no sudoeste baiano, entre 2011 e 2012. O processo apurou a aplicação de recursos federais repassados ao Fundo Municipal de Saúde do município.
O TCU acolheu parcialmente os argumentos da defesa, mas manteve a irregularidade das contas e condenou Fernandes ao ressarcimento solidário de R$ 130 mil, dividido com outros gestores públicos e empresas contratadas na época, incluindo clínicas médicas. Os valores deverão ser devolvidos ao Fundo Nacional de Saúde, com juros e correção monetária. O Tribunal também determinou o envio da decisão à Procuradoria da República na Bahia.